Ako urobiť interaktívne súbory údajov o biomedicínskom výskume

Ako umožniť interakciu údajov z biomedicínskeho výskumu?

Princíp interoperability definuje schopnosť rôznych systémov pripojiť sa. To je značný problém v biomedicínskom výskume, najmä v oblasti liekov na mieru, ktorý je založený hlavne na zhromažďovaní a hodnotení nespočetných súborov dát. Za určitých okolností pandémia COVID-19 skutočne odhalila, že aj keď technologická , dochádza k zákonným aj poctivým obmedzeniam, je stále ťažké vyhodnotiť tieto informácie v dôsledku sémantických nejasností. Pod záštitou Swiss Personalized Health Network (SPHN), ako aj v úzkej spolupráci s zástupcami všetkých 5 švajčiarskych fakultných nemocníc, ako aj eHealth Suisse, skupiny výskumných pracovníkov zo Ženevskej univerzity (UNIGE), ako aj z univerzitných nemocníc. zo Ženevy (HUG) v spolupráci so švajčiarskym ústavom pre bioinformatiku SIB, ako aj s univerzitnou nemocnicou Lausanne (CHUV), vytvorili techniku ​​pre celonárodný rámec prijatý všetkými švajčiarskymi fakultnými nemocnicami a školskými zariadeniami. Vďaka svojej praktickej stratégii je táto technika založená na pokroku v obvyklej sémantickej štruktúre, ktorá nemá za cieľ meniť existujúce požiadavky, ale využívať ich v kooperatívnom i univerzálnom zmysle podľa požiadaviek výskumu, ako aj spoločníkov. znamenalo. Aplikácia tejto techniky, ktorá sa v súčasnosti skutočne začala, zaznamenáva dôležitú akciu na podporu výskumu a vývoja skutočne prispôsobeného lieku vo Švajčiarsku

Personalizovaná medikácia je založená na využití a vyhodnotení obrovského množstva informácií, či už genomických, epidemiologických alebo od klinických zobrazení, až po definíciu podstaty. Aby to bolo možné, je povinné vzájomné porovnávanie a zhromažďovanie rovnako nezameniteľných informácií, aj keď pochádzajú skutočne z rôznych zdrojov.

S ohľadom na to vytvorila švajčiarska federálna vláda v roku 2017 Swiss Personalized Health Network (SPHN), kampaň pod vedením Švajčiarskej akadémie lekárskych vied v spolupráci so Švajčiarskym ústavom pre bioinformatiku SIB, ktorá má v úmysle propagovať použitie ako ako aj výmena informácií o zdraví za výskum „Napriek veľkým investíciám za posledné desaťročie stále existujú veľké rozdiely,“ tvrdí Christian Lovis, vedúci katedry rádiológie a lekárskej informatiky Lekárskej fakulty UNIGE a vedúci katedry. Divízia lekárskych informačných vied na HUG. „Preto sme s našimi partnermi a SPHN chceli navrhnúť stratégiu a spoločné štandardy, ktoré sú dostatočne flexibilné, aby vyhovovali všetkým druhom súčasných aj budúcich databáz.“

Technika s tromi stĺpmi

Spájame sa s 3 hlavnými požiadavkami: definíciou, ktorú ponúkame bodom, pretože sa musíme vyrovnať na obvyklom základe vzájomného porozumenia; technologická požiadavka - hluk, s ktorým hovoríme; a nakoniec spoločnosť definícií, rovnako ako šum s vetami, ako aj gramatika na zrozumiteľné pochopenie rámca interakcie. „Pokiaľ ide o údaje, je to to isté, vysvetľuje Christophe Gaudet-Blavignac, výskumný pracovník tímu pod vedením Christiana Lovisa. Musíte sa dohodnúť na sémantike, aby ste koncepčne predstavili to, čo sa má komunikovať. Potom potrebujeme kompozičný jazyk, ktorý by spojil tieto významy so všetkou slobodou potrebnou na vyjadrenie všetkého, čo treba vyjadriť. A nakoniec, v závislosti od zapojených projektov a výskumných komunít, bude táto v prípade potreby „preložená“ do dátových modelov, ktorých je rovnako veľa ako jazykov, ktorými sa hovorí vo svete. “

„Našim cieľom preto bolo zjednotiť slovníky, aby sa dali komunikovať v akejkoľvek gramatike, a nie vytvárať od nuly nový slovník, ktorý by sa každý musel naučiť odznova,“ tvrdí Christian Lovis „V tomto zmysle je švajčiarsky federalizmus obrovskou výhodou : prinútilo nás to predstaviť si decentralizovanú stratégiu, ktorá sa dá uplatniť všade. Toto obmedzenie preto vytvorilo príležitosť vyvinúť systém, ktorý funguje napriek miestnym jazykom, kultúram a predpisom. “ Vďaka tomu je možné použiť konkrétne informačné verzie iba pre poslednú akciu, ktorá sa má prispôsobiť štýlom požadovaným určitou prácou - usporiadanie Food and Drug Administration (FDA), pokiaľ ide o spoluprácu s americkou skupinou, ako príklad alebo akýkoľvek iný druh iného konkrétneho usporiadania, ktoré využíva určitý národ alebo výskumná kampaň. Zahŕňa to záruku dobrého porozumenia a veľkú úsporu času.

Žiadny vplyv na ochranu informácií

Interoperabilita informácií však neznamená metodické zdieľanie informácií. „Napríklad bankový svet už dávno prijal globálne štandardy interoperability, zdôrazňuje Christophe Gaudet-Blavignac. Na prevod peňazí z ľubovoľného účtu na akýkoľvek iný je možné použiť jednoduchý IBAN. To však neznamená, že ktokoľvek, či už sú to jednotlivci, súkromné ​​organizácie alebo vlády, môže vedieť, čo je na týchto účtoch bez prísneho právneho rámca. “ V skutočnosti by sa malo rozlišovať medzi nástrojmi, ktoré vytvárajú interoperabilitu, ako aj ich uplatňovaním na jednej strane, a regulačnou štruktúrou, ktorá reguluje ich ľahký prístup, na druhej strane.

Aplikácia stratégie

Táto technika sa vo Švajčiarsku skutočne aplikovala krok za krokom, keď sa vezme do úvahy, že v strede roku 2019 v štruktúre siete personalizovaného zdravia Švajčiarska „švajčiarske univerzitné nemocnice už nasledujú navrhovanú stratégiu zdieľania interoperabilných údajov pre všetky multicentrické výskumné projekty financované Iniciatíva SPHN “, zaznamenáva Katrin Crameri, supervízorka skupiny Personalized Health Informatics Group v SIB, zodpovedná za Koordinačné centrum SPHNData. Ďalej niektoré zdravotnícke zariadenia začínajú túto techniku ​​realizovať popri kampani SPHN.