COVID-19: Geneticienii critică eforturile slabe de secvențiere din SUA

Imprimați informațiile ADN cu o cruce roșie pe

  • Secvențierea genetică a SARS-CoV-2, virusul care provoacă COVID-19, este vitală pentru a urmări răspândirea variantelor existente și a identifica rapid noile variante de îngrijorare.
  • Scriind în revista PLOS Genetics, oamenii de știință spun că Statele Unite nu au reușit să contribuie în mod adecvat la aceste eforturi globale de supraveghere.
  • Ei dau vina pe o coordonare centrală slabă și, până de curând, pe o lipsă de finanțare.

„Cunoaște-ți dușmanul” a fost mantra generalilor cel puțin încă din secolul al V-lea î.Hr., când strategul militar chinez Sun Tzu a inventat fraza din Arta războiului.

Principiul este la fel de important atunci când dușmanul tău este un virus în evoluție rapidă, care a luat viața a peste 4 milioane de oameni din întreaga lume.

În mod tradițional, supravegherea bolilor infecțioase de către organismele publice, precum Organizația Mondială a Sănătății (OMS) și Centrele pentru Controlul și Prevenirea Bolilor (CDC), s-a concentrat pe date precum numărul cazurilor, spitalizările și decesele.

Mai recent, însă, secvențierea rapidă a genomului a permis experților în sănătate publică să studieze variațiile dintre agenții patogeni până la nivelul bazelor lor de ADN sau ARN, care sunt literele chimice ale codului genetic.

Cu toate acestea, potrivit geneticienilor populației de la Case Western Reserve University din Cleveland, OH, unele țări au neglijat această linie vitală de informații în timpul pandemiei COVID-19.

„În ciuda disponibilității și a omniprezenței secvențierii în mai multe țări, adoptarea genomicii ca strategie de supraveghere a agenților patogeni a fost lentă, dificilă și inconsistentă”, scrie Dana Crawford, Ph.D. și Scott Williams, Ph.D., în revista PLOS Genetics.

Oamenii de știință, care lucrează la Departamentul de științe ale populației și al sănătății cantitative ale universității, evidențiază SUA pentru critici speciale.

„Pentru o țară care a condus secvențierea genomului uman cu mai mult de două decenii în urmă, lipsa acumulării de date de secvențiere în mijlocul acestei pandemii este incredibilă și problematică”, scriu ei.

Aceștia observă că țara are capacitatea și expertiza de a desfășura activitatea de secvențiere necesară, dar aceste resurse au rămas „relativ inactive” până de curând.

De exemplu, au existat mai puțin de 7,000 de noi secvențe ale virusului în săptămâna 6 martie 2021, din mai mult de 415,000 de cazuri noi înregistrate în aceeași săptămână.

Lipsa de coordonare „șocantă”

„Pentru cei dintre noi din genetică și genomică umană, capacitatea și expertiza de secvențiere din SUA nu au fost niciodată puse în discuție”, a declarat prof. Crawford pentru "Detonic.shop".

„Șocant pentru noi a fost lipsa oricărui efort coordonat până la aproape un an în pandemie”.

Ei scriu că, la începutul lunii aprilie 2021, SUA ocupa locul 33 în lume în ceea ce privește procentul de cazuri COVID-19 secvențiate, în creștere față de 36 cu câteva săptămâni mai devreme.

Alți experți au menționat finanțarea deficitară, lipsa unor modalități solide de urmărire a eșantioanelor și partajarea datelor și reglementări stricte cu privire la modul în care se poate face acest lucru, ca posibile motive ale deficitului.

„Aceste variabile, care nu sunt unice pentru SUA, au fost abordate cu succes de alte țări, precum Danemarca și Regatul Unit”, scriu Profs. Crawford și Williams.

Prof. Crawford a recunoscut că abordarea descentralizată, publică și privată a asistenței medicale din SUA - spre deosebire de Serviciul Național de Sănătate (NHS) din Marea Britanie - a fost parțial de vină.

„[W] în timp ce abordarea SUA a asistenței medicale poate fi un factor major, la fel și absența aproape a colaborării explicite și a investițiilor în genetică și genomică umană de către agenția principală de sănătate publică a țării”, a declarat prof. Crawford pentru MNT.

Cei doi geneticieni scriu în articolul lor că această prejudecată din cadrul Centrelor pentru Controlul și Prevenirea Bolilor (CDC) a creat o „gaură prăpastie” în înțelegerea noastră a evoluției COVID-19.

Spre deosebire de „abordarea relativ necoordonată și antiquată” a supravegherii genomice SARS-CoV-2 în SUA, ei scriu că programele de succes de supraveghere a secvențierii sănătății publice au îmbrățișat tehnologia din alte părți la începutul pandemiei.

China a publicat prima secvență SARS-CoV-2 în februarie 2020, care a permis compararea secvențelor pe măsură ce virusul a evoluat și dezvoltarea rapidă fără precedent a vaccinurilor.

Marea Britanie a format consorțiul COVID-19 Genomics UK în aprilie 2020 și de atunci a înregistrat peste 650,000 de secvențe.

Injectarea de fonduri suplimentare

Autorii scriu că, în timp ce finanțarea a împiedicat eforturile timpurii în SUA, în februarie 2021, CDC a angajat mai mult de 200 de milioane de dolari pentru secvențierea.

În aprilie 2021, Casa Albă a anunțat o injecție suplimentară de 1 miliard de dolari pentru a crește capacitatea de secvențiere.

Problema majoră acum este că SUA nu au o cohortă de indivizi organizată, în curs de desfășurare, pe care să o poată utiliza pentru studiile COVID-19, spun profesorii. Crawford și Williams.

Ei scriu:

„Accesul la date este anulat, iar eșantioanele sunt păstrate (sau aruncate) de o mulțime de laboratoare deconectate, atât publice, cât și private. Această balcanizare a eforturilor de sănătate publică și testare nu numai că a încetinit procesul; a crescut substanțial cheltuielile. ”

În schimb, Marea Britanie a reușit să se bazeze pe Biobankul britanic, o bază de date biomedicală de multă vreme care conține informații genetice și de sănătate de la o jumătate de milion de persoane.

O intrebare evidenta este care este istoria naturala a COVID-19 printre variantele de secventa din punct de vedere clinic, a spus prof. Christopher Chute, MD, de la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health.

Prof. Chute face parte din National COVID Cohort Collaborative (N3C), un consorțiu înființat în SUA în ianuarie 2021 pentru a colecta date din fișele medicale electronice.

"Deoarece N3C acoperă o fracțiune relativ mică din cazurile de COVID-19, în ciuda faptului că este cel mai mare depozit de cazuri COVID-19 din SUA, mai multe secvențe ar produce o corelație clinică mai mare", a declarat prof. Chute pentru MNT.

Prof. Crawford și Williams recunosc că comparațiile dintre SUA și alte țări sunt „oarecum nedrepte”, având în vedere că răspunsul său la pandemie a început „sub o administrație care a fost înlocuită de atunci”.

Pentru actualizări în timp real despre cele mai recente evoluții privind noul coronavirus și COVID-19, faceți clic aici.

Detonic