Testy genomiczne ścieków mogą skutecznie śledzić warianty COVID-19 będące przedmiotem obaw

Badania pokazują, że testy genomowe ścieków mogą skutecznie śledzić warianty COVID-19 budzące obawy w danym regionie

Badania ścieków mogą precyzyjnie, a także szybko rozpoznać stopień infekcji COVID-19 w okolicy, polegający na wzroście wariantów budzących obawy, zaleca zupełnie nowe badanie naukowe prowadzone przez nauczyciela UBC, dr Ryana Zielsa.

Ziels i jego współpracownicy ocenili przykłady kanalizacji z 5 miejskich oczyszczalni ścieków na obszarze Metro Vancouver w okresie zwiększonej liczby przypadków COVID-19, od lutego do kwietnia 2021 r.

Wyniki, wyjaśnione online w preprint w medrxiv, ujawniły, że skupienie wirusa w ściekach nagromadzonych z obszaru Vancouver dokładnie śledziło liczbę sytuacji zawodowych w tym regionie.

Naukowcy, wśród których był doktorant Xuan Lin, uczeń projektowania cywilnego, również odkryli, że regularność anomalii związanych z wariantami niepokojącymi ścieki jest silnie powiązana z wzorcami w naukowo zidentyfikowanych sytuacjach na tym obszarze.

W tym pytaniu i odpowiedzi dr Ziels, naukowiec zajmujący się projektowaniem ekologicznym, który bada ekologię drobnoustrojów, opowiada o badaniach, których poszukuje – a także o tym, w jaki sposób testy genomiczne ścieków mogą informować o bezpieczeństwie choroby, a także o podejściach administracyjnych.

W jaki sposób związałeś się z tym badaniem?

Właściwie od wielu lat zajmuję się sekwencjonowaniem genomowym ścieków, a także gdy wybuchła pandemia, zdecydowałem się wykorzystać to zrozumienie do zrozumienia infekcji SARS-CoV-2 we współpracy z różnymi innymi naukowcami. Nasza grupa składa się z mikrobiologów ekologicznych, projektantów, a także epidemiologów (w UBC i BC CDC), a także mieliśmy zaszczyt współpracować z Metro Vancouver w naszej pracy.

Podobnie jak wiele innych chorób, infekcja SARS-CoV-2 jest usuwana z kałem podczas infekcji, a fragmenty genomu wirusa można znaleźć w miejskich ściekach.

Ogromne pytanie dotyczyło tego, w jaki sposób możemy szybko i precyzyjnie zidentyfikować te elementy, aby zaoferować dodatkowe dane wejściowe bezpośrednio do ogólnego zestawu narzędzi zdrowia publicznego i dobrego samopoczucia?

Jakie techniki wykorzystałeś do pomiaru, a także śledzenia wariantów niepokojących w ściekach Metro Vancouver?

Wcześniej opracowałem szybką i precyzyjną metodę sekwencjonowania wykorzystując przenośne sekwencery DNA, a także z pewnymi zmianami moja grupa, a także używałem tego systemu do oceny fragmentów genomu koronawirusa w przykładach ścieków z okolic Vancouver.

To, co robimy, przypomina pracę CanCOGeN, kanadyjskiej sieci genomiki COVID – konsorcjum kanadyjskiego rządu, wiejskich, a także lokalnych władz zdrowia publicznego i zdrowia publicznego, które sekwencjonuje około 150,000 XNUMX genomów wirusowych w całej Kanadzie. , sekwencjonujemy przykłady ścieków, które gromadzą wkład z całych populacji na danym obszarze.

Czego szukałeś?

Jeśli chodzi o mierzenie ilości fragmentów genomu koronawirusa, odkryliśmy trochę bardzo wczesnego sygnału w porównaniu ze zmianami w pobytach szpitalnych lub numerach instancji. To zaleciło, aby badania ścieków mogły zapewnić pewien rodzaj bardzo wczesnej ostrożności.

Dzięki sekwencjonowaniu genomu ścieków możemy zidentyfikować wzrost anomalii związanych z wariantami budzących obawy, a także oferujemy te informacje naszym władzom ds. zdrowia i dobrego samopoczucia jako dodatkową pomoc w ich podejściu do zdrowia publicznego i dobrego samopoczucia.

Mamy możliwość dostosowania naszego podejścia do wyszukiwania pojawiających się wariantów, a także uzyskania rzeczywistego obrazu całego obszaru na jednym przykładzie. Sekwencjonowanie genomu również pozwoliło nam zidentyfikować, w których studzienkach kanalizacyjnych w Metro Vancouver warianty miały być bardziej wiodące.

Szybkie sekwencjonowanie informacji wirusowych umożliwia nam oferowanie naprawdę szybkiego zwrotu – oferujemy zapisy, które ulepszają naszych policjantów zajmujących się zdrowiem klinicznym i dobrym samopoczuciem w ciągu zaledwie 3 do 4 dni od pobrania przykładu.

Jakie są skutki dla przyszłych testów pandemicznych, a także administracji?

Istnieje coraz szersze badanie naukowe, w którym degustacja ścieków może pomóc w zrozumieniu stopnia infekcji COVID-19 na obszarach. Naszym celem jest uzupełnienie, a nie zmiana różnych innych technik testowania zdrowia publicznego. Testowanie ścieków może być przydatne, gdy profesjonalne testowanie jest trudne lub nie ma zasięgu miejskiego.

Podobnie akceptujemy Canadian Water Network, aby stworzyć ogólnokrajowy zespół roboczy, który dzieli się wiedzą na temat śledzenia ścieków. Taka ogólnopolska sieć może przynieść wiarygodne informacje w miarę postępów w kierunku ponownego otwarcia naszej sytuacji gospodarczej.