Jak sprawić, by zbiory danych badań biomedycznych stały się interaktywne?

Jak sprawić, by dane z badań biomedycznych mogły wchodzić w interakcje?

Zasada interoperacyjności określa zdolność różnych systemów do łączenia. Jest to znacząca trudność w badaniach biomedycznych, a konkretnie w obszarze dostosowywania leków, które opierają się głównie na gromadzeniu i ocenie niezliczonych zbiorów danych. W rzeczywistości pandemia COVID-19 ujawniła, że ​​również wtedy, gdy , podnoszone są zgodne z prawem i uczciwe ograniczenia, informacje nadal są trudne do oceny ze względu na niejasności semantyczne. Pod auspicjami Swiss Personaled Health Network (SPHN), a także w ścisłej współpracy z przedstawicielami wszystkich 5 szwajcarskich szpitali klinicznych oraz eHealth Suisse, grupa naukowców z Uniwersytetu Genewskiego (UNIGE) oraz szpitali uniwersyteckich z Genewy (HUG), we współpracy ze Szwajcarskim Instytutem Bioinformatyki SIB, a także Szpitalem Uniwersyteckim w Lozannie (CHUV), faktycznie stworzyły technikę dla ogólnokrajowych ram obejmowanych przez wszystkie szwajcarskie szpitale kliniczne, a także placówki szkolne. Dzięki swojej praktycznej strategii technika ta opiera się na rozwinięciu zwykłej struktury semantycznej, która nie ma na celu zmiany istniejących wymagań, jednak wykorzystuje je we współpracy, a także we wszechstronnych środkach zgodnie z wymaganiami badań, a także towarzyszy. pociąga za sobą. Zastosowanie tej techniki, które obecnie się rozpoczęło, wskazuje na ważne działania promujące badania i rozwój prawdziwie dostosowanego leku w Szwajcarii

Spersonalizowane leki opierają się na wykorzystaniu i ocenie ogromnych ilości informacji, zarówno genomicznych, epidemiologicznych, jak i obrazowania klinicznego, aż po definicję istoty. Aby móc to zrobić, konieczne jest porównywanie, a także gromadzenie równie jednoznacznych informacji, także wtedy, gdy pochodzą one z naprawdę różnych zasobów.

Mając to na uwadze, szwajcarski rząd federalny opracował w 2017 r. Swiss Personaled Health Network (SPHN), kampanię zarządzaną przez Szwajcarską Akademię Nauk Medycznych we współpracy ze Szwajcarskim Instytutem Bioinformatyki SIB, która zamierza reklamować użycie jako jak również wymiana informacji o zdrowiu na potrzeby badań „Pomimo dużych inwestycji w ciągu ostatniej dekady nadal istnieją duże dysproporcje”, twierdzi Christian Lovis, kierownik Katedry Radiologii i Informatyki Medycznej na Wydziale Lekarskim UNIGE oraz kierownik Katedry Zakład Informatyki Medycznej przy HUG. „Dlatego wraz z naszymi partnerami i SPHN chcieliśmy zaproponować strategię i wspólne standardy, które są wystarczająco elastyczne, aby pomieścić wszystkie rodzaje obecnych i przyszłych baz danych”.

Technika trójfilarowa

Łączymy 3 główne wymagania: definicję, którą proponujemy punktom, ponieważ musimy na co dzień ustalać wzajemne zrozumienie; wymóg technologiczny – hałas, z którym rozmawiamy; jak również ostatecznie towarzystwo definicji, a także szum ze zdaniami i gramatykę, aby sformułować interakcję w zrozumiały sposób. „Jeśli chodzi o dane, to to samo”, wyjaśnia Christophe Gaudet-Blavignac, badacz z zespołu kierowanego przez Christiana Lovisa. Musisz zgodzić się na semantykę, aby konceptualnie reprezentować to, co ma być komunikowane. Następnie potrzebny jest język kompozycyjny, aby połączyć te znaczenia z całą swobodą niezbędną do wyrażenia wszystkiego, co należy wyrazić. I wreszcie, w zależności od zaangażowanych projektów i społeczności badawczych, zostanie to „przetłumaczone” w razie potrzeby na modele danych, które są tak liczne, jak języki używane na świecie”.

„Naszym celem było zatem ujednolicenie słowników tak, aby można je było komunikować w dowolnej gramatyce, a nie tworzenie od podstaw nowego słownictwa, którego każdy musiałby uczyć się od nowa”, twierdzi Christian Lovis „W tym sensie szwajcarski federalizm jest ogromną zaletą : zmusiło nas do wyobrażenia sobie zdecentralizowanej strategii, którą można zastosować wszędzie. Ograniczenie stworzyło zatem możliwość opracowania systemu, który działa pomimo lokalnych języków, kultur i przepisów”. Dzięki temu możliwe jest wykorzystanie poszczególnych wersji informacji do dostosowania ostatniej akcji do stylu wymaganego na danym stanowisku – układu Food and Drug Administration (FDA) w przypadku współpracy z grupą amerykańską, jako przykład lub jakikolwiek inny konkretny układ wykorzystywany przez określony naród lub kampanię badawczą. Obejmuje to gwarancję dobrego zrozumienia, a także ogromnej oszczędności czasu. .

Brak wpływu na obronę informacji

Interoperacyjność informacji nie oznacza jednak metodycznej wymiany informacji. „Na przykład świat bankowy już dawno przyjął globalne standardy interoperacyjności”, podkreśla Christophe Gaudet-Blavignac. Prosty IBAN może być użyty do przelania pieniędzy z dowolnego konta na inne. Nie oznacza to jednak, że każdy, czy to osoby fizyczne, organizacje prywatne czy rządy, może wiedzieć, co znajduje się na tych kontach bez ścisłych ram prawnych”. W rzeczywistości należy dokonać rozróżnienia między narzędziami, które zapewniają interoperacyjność i ich stosowaniem z jednej strony, a strukturą regulacyjną, która reguluje ich łatwość dostępu z drugiej strony.

Zastosowanie strategii

Ta technika została faktycznie zastosowana krok po kroku w Szwajcarii, biorąc pod uwagę, że centrum 2019, w strukturze Szwajcarskiej Sieci Spersonalizowanej Opieki Zdrowotnej „Szwajcarskie szpitale uniwersyteckie już stosują proponowaną strategię udostępniania interoperacyjnych danych dla wszystkich multicentrycznych projektów badawczych finansowanych przez Inicjatywa SPHN”, odnotowuje Katrin Crameri, kierownik Personaled Health Informatics Group w SIB, odpowiedzialny za Centrum Koordynacji SPHNData Ponadto, niektóre placówki medyczne zaczynają stosować tę technikę po kampanii SPHN.