Hoe biomedische onderzoeksdatasets interactief te maken

Hoe maak je biomedische onderzoeksdata interactief?

Het principe van interoperabiliteit definieert het vermogen van verschillende systemen om verbinding te maken. Dit is een grote moeilijkheid in biomedisch onderzoek, maar ook specifiek op het gebied van medicatie op maat, dat voornamelijk gebaseerd is op het verzamelen en evalueren van talloze datasets. De omstandigheden van de COVID-19-pandemie hebben feitelijk aangetoond dat ook wanneer de technologische , zowel wettelijke als eerlijke beperkingen worden opgelegd, blijft de informatie moeilijk te beoordelen als gevolg van semantische onduidelijkheden. Onder auspiciën van het Swiss Personalised Health Network (SPHN) en in nauwe samenwerking met vertegenwoordigers van alle 5 Zwitserse academische ziekenhuizen en eHealth Suisse, een groep onderzoekers van de Universiteit van Genève (UNIGE) en de Universitaire Ziekenhuizen van Genève (HUG), in samenwerking met het SIB Swiss Institute of Bioinformatics en het Lausanne University Hospital (CHUV), hebben de techniek gecreëerd voor een landelijk kader dat wordt omarmd door alle Zwitserse academische ziekenhuizen en scholen. Met zijn praktische strategie is deze techniek gebaseerd op de vooruitgang van een gebruikelijke semantische structuur die niet tot doel heeft bestaande vereisten te veranderen, maar om ze te gebruiken in een samenwerkende en veelzijdige manier volgens de eisen van het onderzoek en de metgezellen met zich meebracht. De toepassing van deze techniek, die momenteel daadwerkelijk is begonnen, wijst op een belangrijke actie om onderzoek en ontwikkeling voor een echt op maat gemaakte medicatie in Zwitserland te bevorderen

Gepersonaliseerde medicatie is gebaseerd op de exploitatie en evaluatie van enorme hoeveelheden informatie, of het nu gaat om genomische, epidemiologische of klinische beeldvorming, tot de definitie van de essentie. Om dit te kunnen doen, is kruisverwijzingen nodig, evenals het verzamelen van even onmiskenbare informatie, ook wanneer deze afkomstig zijn uit werkelijk verschillende bronnen.

Met dit in gedachten heeft de Zwitserse federale overheid in 2017 het Swiss Personalised Health Network (SPHN) geproduceerd, een campagne die onder het beheer staat van de Zwitserse Academie voor Medische Wetenschappen in samenwerking met het SIB Swiss Institute of Bioinformatics, dat van plan is het gebruik te adverteren als evenals uitwisseling van gezondheidsinformatie voor onderzoek "Ondanks de grote investeringen van het afgelopen decennium zijn er nog steeds grote verschillen", stelt Christian Lovis, supervisor van de afdeling Radiologie en Medische Informatica aan de UNIGE-faculteit Geneeskunde en hoofd van de Afdeling Medische Informatiewetenschappen aan de HUG. “Daarom wilden we samen met onze partners en de SPHN een strategie en gemeenschappelijke standaarden voorstellen die flexibel genoeg zijn om alle soorten huidige en toekomstige databases onder te brengen.”

Een techniek met drie pijlers

We sluiten aan op 3 belangrijke vereisten: de definitie die we bieden aan punten, omdat we op een gebruikelijke basis genoegen moeten nemen om elkaar te begrijpen; een technologische vereiste – het geluid waarmee we praten; evenals uiteindelijk het bedrijf van de definitie en ruis met zinnen en grammatica om de interactie op een begrijpelijke manier te kaderen. “Qua data is het hetzelfde, legt Christophe Gaudet-Blavignac uit, een onderzoeker in het team onder leiding van Christian Lovis. Je moet het eens zijn over een semantiek, om conceptueel weer te geven wat er moet worden gecommuniceerd. Dan hebben we een compositorische taal nodig om deze betekenissen te combineren met alle vrijheid die nodig is om alles uit te drukken wat uitgedrukt moet worden. En tot slot wordt dit, afhankelijk van de betrokken projecten en onderzoeksgemeenschappen, 'vertaald' naar datamodellen, die net zo talrijk zijn als de talen die in de wereld worden gesproken.”

"Ons doel was daarom om vocabulaires te verenigen zodat ze in elke grammatica kunnen worden gecommuniceerd, in plaats van een nieuw vocabulaire te creëren dat iedereen opnieuw zou moeten leren", beweert Christian Lovis "In die zin is het Zwitserse federalisme een enorm voordeel : het heeft ons gedwongen een gedecentraliseerde strategie voor te stellen, die overal kan worden toegepast. De beperking heeft daarom de mogelijkheid gecreëerd om een ​​systeem te ontwikkelen dat werkt ondanks lokale talen, culturen en regelgeving.” Dit maakt het mogelijk om bepaalde informatieversies te gebruiken om alleen de laatste handeling aan te passen aan de stijlen die nodig zijn voor een bepaalde baan - de indeling van de Food and Drug Administration (FDA) als het gaat om samenwerking met een Amerikaanse groep, als een bijvoorbeeld, of enige vorm van verschillende andere specifieke lay-out die wordt gebruikt door een bepaalde natie of onderzoekscampagne. Dit omvat een garantie van een goed begrip en een enorme tijdwinst.

Geen invloed op informatieverdediging

Interoperabiliteit van informatie impliceert echter niet het methodisch delen van informatie. “De bankwereld heeft bijvoorbeeld al lang wereldwijde interoperabiliteitsnormen aangenomen, benadrukt Christophe Gaudet-Blavignac. Een eenvoudige IBAN kan worden gebruikt om geld over te maken van elke rekening naar een andere. Dit betekent echter niet dat iemand, of het nu individuen, particuliere organisaties of overheden zijn, zonder een strikt wettelijk kader kan weten wat er in deze rekeningen staat.” Er moet inderdaad een onderscheid worden gemaakt tussen enerzijds de instrumenten die interoperabiliteit en hun toepassing tot stand brengen, en anderzijds de regulerende structuur die hun toegankelijkheid regelt.

Strategie toepassing

Deze techniek is stap voor stap toegepast in Zwitserland, aangezien het centrum van 2019, in de structuur van het Zwitserse gepersonaliseerde gezondheidsnetwerk “Zwitserse universitaire ziekenhuizen al de voorgestelde strategie volgen om interoperabele gegevens te delen voor alle multicentrische onderzoeksprojecten die worden gefinancierd door de SPHN-initiatief”, meldt Katrin Crameri, supervisor van de Personalised Health Informatics Group bij SIB, verantwoordelijk voor het SPHNData Coördinatiecentrum. Verder beginnen sommige medische instellingen deze techniek uit te voeren na de SPHN-campagne.