Notekūdeņu genomiskā pārbaude var efektīvi izsekot COVID-19 satraucošajiem variantiem

Pētījumi rāda, ka notekūdeņu genomiskā pārbaude var efektīvi izsekot COVID-19 problemātiskajiem variantiem reģionā

Notekūdeņu testēšana var precīzi un arī ātri atpazīt COVID-19 infekciju pakāpi šajā apgabalā, kas sastāv no satraucošo variantu skaita palielināšanās, iesaka pavisam jaunu pētījumu, kuru vadīja UBC skolotājs Dr Ryan Ziels.

Ziels un arī viņa kolēģi novērtēja kanalizācijas piemērus no 5 metropoles notekūdeņu rūpnīcām Metro Vankūveras apgabalā visā paaugstinātā COVID-19 gadījumu skaita laikā no 2021. gada februāra līdz aprīlim.

Rezultāti, kas paskaidroti tiešsaistē ar iespiešanu medrxiv, atklāja, ka vīrusu koncentrēšanās notekūdeņos, kas uzkrāta no Vankūveras apgabala, rūpīgi izsekoja profesionālo situāciju skaitam šajā apgabalā.

Zinātnieki, ieskaitot Ph.D. civilā dizaina skolnieku Sjuanu Linu, tāpat atklāja, ka anomāliju regularitāte, kas saistīta ar bažām par notekūdeņiem, ir ļoti saistīta ar modeļiem zinātniski identificētās situācijās šajā apgabalā.

Šajos jautājumos un atbildēs Dr Ziels, ekoloģiskā dizaina zinātnieks, kurš pēta mikrobu ekoloģiju, runā par pētījumu pētījumu meklējumiem, kā arī par to, kā notekūdeņu genomikas pārbaude var paziņot par slimības drošību un arī pieeju administrēšanai.

Kā jūs saistījāties ar šo pētījumu?

Es faktiski vairākus gadus esmu pētījis notekūdeņu genomikas secību, kā arī tad, kad pandēmija bija bojāta, es izvēlējos izmantot šo izpratni, lai izprastu SARS-CoV-2 infekciju sadarbībā ar citiem zinātniekiem. Mūsu grupā ir ekoloģiski mikrobiologi, dizaineri un arī epidemiologi (UBC un arī BC CDC), kā arī mums bija privilēģija strādāt kopā ar Vankūveras metro.

Tāpat kā daudzas citas slimības, arī SARS-CoV-2 infekcija inficēšanās laikā tiek samazināta ar izkārnījumiem, un arī vīrusu genoma gabali ir atrodami metropoles notekūdeņos.

Milzīgs jautājums bija par to, kā mēs varam ātri un precīzi identificēt šos gabalus, lai piedāvātu papildu ieguldījumu tieši sabiedrības veselības un labsajūtas rīkkopā?

Kādus paņēmienus izmantojāt, lai novērtētu un sekotu līdzi satraucošajiem variantiem Metro Vankūveras notekūdeņos?

Iepriekš es izveidoju ātru un arī precīzu sekvencēšanas metodi, izmantojot pārnēsājamus DNS sekvencētājus, kā arī ar dažām izmaiņām mana grupa, kā arī es izmantoju šo sistēmu, lai novērtētu koronavīrusa genoma gabalus notekūdeņu piemēros no Vankūveras apgabala.

Tas, ko mēs darām, atgādina CanCOGeN, Kanādas COVID Genomics Network - Kanādas valdības, lauku un arī vietējo sabiedrības veselības un labsajūtas iestāžu konsorcija darbu, kas visā Kanādā sekvencē aptuveni 150,000 XNUMX vīrusu genomu, bet zemāk, nevis sekojoši personu piemēri , mēs sekvencējam notekūdeņu piemērus, kas uzkrāj visu reģiona iedzīvotāju loku.

Kādas bija jūsu būtiskās meklēšanas?

Runājot par koronavīrusa genoma gabalu daudzuma noteikšanu, mēs atklājām mazliet ļoti agru signālu, kas kontrastēja ar izmaiņām slimnīcu uzturēšanās laikā vai gadījumu skaitu. Tas ieteica, ka notekūdeņu pārbaude var būt ļoti agra piesardzība.

Izmantojot notekūdeņu sekvencēšanu genomā, mēs varam noteikt pastiprinātās anomālijas, kas saistītas ar problēmu variantiem, kā arī mēs piedāvājam šo informāciju mūsu veselības un labsajūtas uzraudzības iestādēm kā papildu palīdzību viņu sabiedrības veselības un labsajūtas pieejās.

Mums ir iespēja pielāgot savu pieeju meklējamo variantu meklēšanai, kā arī vienā piemērā faktiski iegūt priekšstatu par visu apkārtni. Genoma sekvencēšana arī ļāva mums noteikt, kuras kanalizācijas šķūņi Vankūveras metro variantos bija īpaši vadoši.

Ātra vīrusu informācijas secība ļauj mums piedāvāt patiešām ātru pagriezienu - mēs piedāvājam ierakstus, lai uzlabotu mūsu klīniskās veselības un labsajūtas policistus 3 līdz 4 dienu laikā no kolekcijas parauga.

Kāda ir turpmākās pandēmijas testēšanas un arī administrēšanas ietekme?

Tiek paplašināts pētījums, ka notekūdeņu degustācija var palīdzēt izprast COVID-19 infekciju pakāpi apgabalos. Mūsu mērķis ir papildināt, nevis mainīt dažādas citas sabiedrības veselības pārbaudes metodes. Notekūdeņu testēšana var būt noderīga, ja profesionāla pārbaude ir sarežģīta vai ja tā nav metropoles diapazonā.

Mēs arī pieņemam Kanādas ūdens tīklu, lai izveidotu valsts mēroga darba komandu, kas dalās izpratnē par notekūdeņu izsekošanu. Šāds valsts mēroga tīkls var iegūt ticamu informāciju, kad mēs virzāmies uz savu ekonomiskās situācijas atjaunošanu.