Nuotekų genominiai tyrimai gali efektyviai sekti susirūpinimą keliančius COVID-19 variantus

Tyrimai rodo, kad nuotekų genominiai tyrimai gali veiksmingai stebėti susirūpinimą keliančius COVID-19 variantus regione

Atliekant nuotekų tyrimus galima tiksliai ir greitai atpažinti COVID-19 infekcijos laipsnius šioje srityje, įskaitant padidėjusį susirūpinimą keliančių variantų skaičių, rekomenduojamas naujas tyrimas, kurį vedė UBC mokytojas dr Ryanas Zielsas.

Zielsas ir jo bendradarbiai įvertino kanalizacijos pavyzdžius iš 5 metropolinių nuotekų gamyklų Vankuverio rajone per visą padidintą COVID-19 atvejų skaičių - nuo 2021 m. Vasario iki balandžio.

Rezultatai, paaiškinti internete iš anksto išspausdinus „Medrxiv“, atskleidė, kad virusinis dėmesys nuotekose, sukauptose iš Vankuverio srities, atidžiai stebėjo profesinių situacijų skaičių toje vietovėje.

Mokslininkai, tarp kurių buvo Ph. Civilinio dizaino mokinys Xuanas Lin, taip pat atrado, kad anomalijų, susijusių su susirūpinimą keliančiais nuotekų variantais, reguliarumas yra labai susijęs su moksliškai nustatytų vietovių modeliais.

Šioje klausime ir atsakyme dr. Zielsas, ekologinio projektavimo mokslininkas, tyrinėjantis mikrobų ekologiją, pasakoja apie mokslinių tyrimų paieškas ir apie tai, kaip nuotekų genomikos tyrimai gali padėti pranešti apie ligos saugumą ir administravimo metodus.

Kaip jus siejo su šiuo tyrimu?

Aš iš tikrųjų keletą metų nagrinėjau genomikos nuotekų sekos nustatymą, taip pat, kai pandemija buvo pažeista, nusprendžiau naudoti šį supratimą suprasdamas SARS-CoV-2 infekciją bendradarbiaudamas su įvairiais kitais mokslininkais. Mūsų grupę sudaro ekologiniai mikrobiologai, dizaineriai ir epidemiologai (UBC ir BC CDC), taip pat mums buvo suteikta privilegija dirbti kartu su Vankuverio metro.

Kaip ir daugybė įvairių kitų ligų, SARS-CoV-2 infekcija per infekciją sumažėja išmatose, taip pat virusų genomo gabalų galima rasti didmiesčio nuotekose.

Didžiulis tyrimas buvo, kaip mes galime greitai ir tiksliai identifikuoti šias dalis, kad galėtume pasiūlyti papildomų duomenų tiesiai į bendrą visuomenės sveikatos ir sveikatingumo priemonių rinkinį?

Kokius metodus naudojote, kad įvertintumėte ir stebėtumėte rūpimus variantus Metro Vankuverio nuotekose?

Anksčiau buvau sukūręs greitą ir tikslų sekos nustatymo metodą, naudodamas nešiojamus DNR sekvencerius, taip pat su tam tikrais pakeitimais savo grupę ir šią sistemą naudojau koronaviruso genomo gabalams įvertinti Vankuverio srities nuotekų pavyzdžiuose.

Tai, ką mes darome, primena Kanados COVID genomikos tinklo „CanCOGeN“ darbą - Kanados vyriausybės, kaimo ir vietos visuomenės sveikatos ir sveikatingumo institucijų konsorciumą, kuris visoje Kanadoje sekvenuoja maždaug 150,000 XNUMX virusų genomų. Tačiau žemiau, o ne asmeninių pavyzdžių sekos , mes sekame nuotekų pavyzdžius, kurie kaupia ištisų vietovės gyventojų indėlius.

Kokie buvo jūsų svarbiausi ieškojimai?

Kalbant apie koronaviruso genomo gabalų kiekio matavimą, mes atradome šiek tiek labai ankstyvo signalo, skirtingo nuo hospitalizacijų ar atvejų skaičiaus pakeitimų. Tai rekomendavo, kad nuotekų bandymai galėtų būti labai atsargūs.

Nustatydami nuotekų genomo seką, galime nustatyti anomalijų, susijusių su susirūpinimą keliančiais variantais, padidėjimą, taip pat siūlome šią informaciją savo sveikatos ir sveikatingumo institucijoms kaip papildomą pagalbą jų visuomenės sveikatos ir sveikatingumo požiūriu.

Mes galime pritaikyti savo požiūrį į kylančių variantų paiešką, taip pat iš tikrųjų gauti visos srities vaizdą viename pavyzdyje. Genomo sekos nustatymas taip pat leido mums nustatyti, kurios kanalizacijos angos Metro Vankuveryje yra variantai.

Greitas virusinės informacijos sekos nustatymas leidžia mums pasiūlyti tikrai greitą apsikeitimą - mes siūlome įrašus, kad mūsų klinikinės sveikatos ir sveikatingumo policijos pareigūnai būtų atnaujinti per 3–4 dienas nuo rinkimo pavyzdžio.

Koks yra būsimų pandemijos tyrimų ir administravimo poveikis?

Yra plečiamas mokslinis tyrimas, kad nuotekų degustacija gali padėti suprasti COVID-19 infekcijos laipsnį vietovėse. Mūsų tikslas yra papildyti, o ne keisti įvairius kitus visuomenės sveikatos metodus. Nuotekų bandymai gali būti naudingi, kai profesionalūs bandymai yra sudėtingi arba jų nėra didmiesčiuose.

Mes taip pat sutinkame su Kanados vandens tinklu sukurti visos šalies darbo komandą, kuri dalijasi supratimu apie nuotekų sekimą. Toks visos šalies tinklas gali suteikti patikimos informacijos, kai mes einame link savo ekonominės padėties atnaujinimo.