SARS-CoV-2 sekant nuspėjamais mutaciniais pėdsakais

SARS-CoV-2 sekant nuspėjamais mutaciniais pėdsakais

Naujas Nebraskos – Linkolno universiteto tyrimas iš tikrųjų atskleidė, kad anomalijos, atsirandančios COVID-19 sukeliančioje SARS-CoV-2 infekcijoje, pasireiškia namų ūkyje - ar bent jau koronavirusų, pavojingiausių žmonėms, kategorijoje. būtybės.

Kontrastavusi labai ankstyvą SARS-CoV-2 ir artimiausių artimųjų, betakoronavirusų, progresavimą, Nebraskos grupė atrado, kad SARS-CoV-2 anomalijos vyksta iš esmės tose pačiose srityse - tiek genetiškai, tiek struktūriškai.

Mutacinis SARS-CoV-2 ir jo pirmtakų panašumas, susidedantis iš žmogaus infekuojančio SARS-CoV-1 ir MERS-CoV, gali padėti pranešti prognozes, kaip COVID sukelianti infekcija tikrai liks progresuoti, mokslininkai tvirtino.

„Vieno viruso stebėjimo vienu metu problema yra ta, kad jūs prarandate mišką už medžius“, - tvirtino Katherine LaTourrette, doktorantė, dirbanti „Complex Biosystems“ programoje Nebraskoje. „Žiūrėdami į šį bendrą vaizdą, mes galėjome numatyti mutacinis SARS-CoV-2 pobūdis. “

„Tai apima šiuos klausimus: ar vakcinos bus veiksmingos ilgą laiką? Kurie variantai praslys? Ar mums reikia to stiprintuvo? Ar skiepyti žmonės bus užkrėsti antrą kartą? “

"Labiausiai tikėtina, kad nustebsite tą jaučio akį"

Paveldimas infekcijos kodas nustato jos gebėjimą užteršti ląsteles ir taip pat nurodo joms sukurti dar daugiau savo dublikatų. Tas kodas apima pagrindines medžiagas arba nukleotidus su anomalijomis, atsirandančiomis visur, kur tuos nukleotidus gauna, išskaičiuoja arba keičia vienas kitu. Daugelis anomalijų neturi jokio rezultato arba jų nėra, panašiai, kad bandymas įsilaužti į išsamų slaptažodį transformuojant tiesiog vieną asmenybę greičiausiai nustos veikti.

Tačiau pasiūlius pakankamas galimybes, infekcija galų gale atras anomaliją ar anomalijas, kurios pakeis jos architektūrinių sąnarių ar aminorūgščių sąranką, kurių pakanka daug geriau atakuoti ląsteles ir taip pat daugintis - nauda, ​​padedanti jai įveikti įvairius kitus stresus. Kai kuriose situacijose visiškai naujas stresas gali papildomai išvengti imuninių veiksmų, susimaišiusių su esamomis injekcijomis, reikalaujant visiškai naujų injekcijų, kad apsaugotų nuo jų.

LaTourrette ir jos patarėjas Hernanas Garcia-Ruizas buvo audringai kontrastingi mutacijų modeliai infekcijose, kurios užpuolė įvairius organinius augalus - užklupus SARS-CoV-2 pandemijai. Norėdami tai padaryti, mokslininkai vertino sekvencuotų DNR sekcijas iš identiškų sričių visų kategorijos infekcijų genomuose. Jie ypač ieškojo vieno taško anomalijų: atkarpų, kuriose iš tikrųjų buvo transformuotas vienas nukleotidas. Nustatydama juos, grupė diskutavo, ar tam tikros anomalijos atsiranda visose susijusiose augalų infekcijose, po to šias anomalijas priskyrė naudingoms aminorūgščių korekcijoms infekcijose.

"Daug kartų mokslininkai turi konkretų augalų virusą, kurį jie tiria", - tvirtino LaTourrette. „Jie tai žino tikrai gerai. Tačiau mūsų klausimas buvo toks: Didelis vaizdas, ką daro gentis? Mes žinome, kad variantai nėra atsitiktiniai. Jis kaupiasi tam tikrose genomo srityse, ir tos sritys (kartais) yra vienodos visoje gentyje. Tai paprastai yra svarbios sritys, pavyzdžiui, pritaikymas šeimininkui - iš esmės sritys, kurios turės nuolat keistis, kad ir toliau vystytųsi kartu su savo šeimininku “.

„Taigi, kai įvyko COVID-19, mes pagalvojome, kad galime atsisiųsti (betakoronaviruso) sekas ir paleisti jas per vamzdyną ir pamatyti, kur vyksta variacija.“

Tai padarius, LaTourrette ir jos draugai atrado, kad tariamas sveikas baltymas, kuris išsiskiria iš betakoronavirusų ir taip pat slepia jų patekimą tiesiai į šeimininko ląsteles, jungdamasis su išoriniais receptoriais, greitai keičiasi visuose pripažintuose betakoronavirusuose, susidedančiuose iš SARS-CoV- 2.

Nepaisant tik 17% SARS-CoV-2 genomo audito, mokslininkai atskleidė, kad iki šiol „labai kintamas“ sveikas baltymas surinko maždaug 50% visų infekcijos anomalijų. Tos anomalijos atsiranda tose pačiose genomo srityse, taip pat tuose pačiuose sveikų baltymų smaigalyje, kaip ir šiandien visuose kituose betakoronavirusuose.

„Visos mūsų analizės parodė, kad iš tikrųjų čia vyksta pokyčiai“, - tvirtino LaTourrette. „Nesvarbu, kada mes tai žiūrėjome, kokį variantą žiūrėjome - smailių baltymai buvo pagrindiniai.“

Grupė taip pat baigėsi, kaip ir daugelis kitų virusologų, kad sutriko SARS-CoV-2 smaigalio baltymas - kad nors jo amino rūgštys išsidėsčiusios tiesiai į tą patį pagrindinį dizainą, tas dizainas turi tai, ką „LaTourrette“ vadino „kažkokia vikšrine patalpa“. pereiti tiesiai į šiek tiek įvairias sąrankas. Ji teigė, kad ši bėda manė, kad jo architektūrinis pritaikomumas greičiausiai taip pat suteikia naudingos purtomos erdvės.

"Žmonės gali turėti šiek tiek skirtingus ląstelių receptorius, kiekvienam žmogui", - tvirtino LaTourrette. „Taigi tada turite turėti (smaigalio baltymo) receptorių, kuris galėtų pritaikyti tuos mažus poslinkius. Jei tai būtų labai užsakyta ir ji negalėtų pasislinkti, tai gal ir neužkrėstų visų. Bet turėdamas tokį lankstumą, tai daug geresnis virusas “.

„Iš esmės ši sritis yra labai kintama ir yra lanksti. Taigi tai yra dvigubas smūgis “.

Šios aukštos savybės tikrai išliks, kad SARS-CoV-2 taptų nuostabiu priešininku, kuris reikalauja budrumo, kad apsisaugotų nuo tiesioginės ateities, tvirtino „LaTourrette“. Tačiau norint suprasti jos ištvermę, kurią įvairių kitų betakoronavirusų transformacinis fonas gali veikti kaip protingas tos ateities žvilgsnis, reikia padėti virusologams ir vakcinologams, jei reikia.

Vystantis SARS-CoV-2, vakcinoms gali tekti tęsti skirtingus baltymus, tačiau betakoronavirusų mutaciniai modeliai gali padėti mokslininkams prognozuoti, kurie sveikų baltymų domenų pavadinimai yra labiausiai ir greičiausiai keičiami. „LaTourrette“ tvirtino, kad tai gali padaryti žymiai lengvesnį smūgį perkėlusiam taikiniui.

„Jei užmerksite smiginį į smiginį, užmerksite akis, jis gali eiti bet kur“, - tvirtino ji. „Tačiau žiūrėdami į kitas (betakoronaviruso) rūšis, jūs turite idėją, kur ji greičiausiai nusileis. Ir labiau tikėtina, kad pataikysite į tą jaučio akį “.

Nors „LaTourrette“ šiuo metu grįžo į augalų karalystę, ji teigė, kad galimybė pritaikyti savo darbą prie tokios stūmimo funkcijos pasitvirtino, kad malonu kiekvieną kartą, kai pasitenkinimas tebėra trumpas.

"Mums pereiti nuo augalų prie koronavirusų (perėjimas) buvo tikrai teigiamas būdas parodyti, kad galite pasinaudoti savo mokslu ir savo žiniomis ir pritaikyti juos visuomenės labui", - tvirtino LaTourrette. „Per pastaruosius pusantrų metų matėme keletą puikių pavyzdžių, kurie padarė tokią kaitą.“

„Nors tai labai sunkus metas ir yra daug sunkumų, manau, kad labai teigiama matyti mokslininkų susivienijimą ir galimybę kartu prisidėti prie reikalo“.

LaTourrette ir asocijuotas augalų patologijos mokytojas Nebraskos virusologijos centre Garcia-Ruizas atliko tyrimą su dabartine magistrante Natalie Holste, doktorante Rosalba Rodriguez-Peñan ir Raquel Arruda Leme, einančiu pas mokslininką iš Brazilijos.