Come rendere interattivi i dataset della ricerca biomedica

Come far interagire i dati della ricerca biomedica?

Il principio di interoperabilità definisce la capacità di diversi sistemi di connettersi. Si tratta di una difficoltà significativa nella ricerca biomedica, oltre che, nello specifico, nell'area della medicazione personalizzata, che si basa principalmente sulla raccolta e sulla valutazione di innumerevoli set di dati Per le circostanze, la pandemia di COVID-19 ha effettivamente rivelato che anche quando la tecnologia , vengono sollevate restrizioni legali e oneste, le informazioni continuano a essere difficili da valutare a causa delle oscurità semantiche. Sotto gli auspici della Swiss Personalized Health Network (SPHN) e in stretta collaborazione con i rappresentanti di tutti e 5 gli ospedali universitari svizzeri e di eHealth Suisse, un gruppo di ricercatori dell'Università di Ginevra (UNIGE) e degli ospedali universitari di Ginevra (HUG), in collaborazione con l'Istituto svizzero di bioinformatica SIB e l'Ospedale universitario di Losanna (CHUV), hanno effettivamente creato la tecnica per un quadro nazionale abbracciato da tutti gli ospedali universitari svizzeri e dagli istituti scolastici. Con la sua strategia pratica, questa tecnica si basa sull'avanzamento di una struttura semantica abituale che non ha l'obiettivo di modificare i requisiti esistenti, ma di utilizzarli in modo collaborativo e versatile secondo le esigenze della ricerca e dei compagni. comportato. L'applicazione di questa tecnica, attualmente avviata, segna un'importante azione per promuovere la ricerca e lo sviluppo di un farmaco realmente personalizzato in Svizzera

La medicina personalizzata si basa sullo sfruttamento e sulla valutazione di enormi quantità di informazioni, siano esse genomiche, epidemiologiche o di imaging clinico, fino alla definizione dell'essenza. Per poter fare ciò è obbligatorio incrociare così come accumulare informazioni altrettanto inconfondibili, anche quando provengono da risorse realmente diverse.

Con questo in mente, il governo federale svizzero ha prodotto nel 2017 la Swiss Personalized Health Network (SPHN), una campagna posta sotto la gestione dell'Accademia svizzera delle scienze mediche in collaborazione con il SIB Swiss Institute of Bioinformatics che intende pubblicizzare l'utilizzo come nonché lo scambio di informazioni sul benessere per la ricerca “Nonostante i grandi investimenti dell'ultimo decennio, ci sono ancora grandi disparità”, afferma Christian Lovis, supervisore del Dipartimento di Radiologia e Informatica Medica presso la Facoltà di Medicina dell'UNIGE nonché capo del Dipartimento di Divisione di Scienze dell'Informazione Medica presso l'HUG. "Questo è il motivo per cui volevamo, con i nostri partner e l'SPHN, proporre una strategia e standard comuni sufficientemente flessibili da accogliere tutti i tipi di database attuali e futuri".

Una tecnica a tre pilastri

Ci colleghiamo su 3 requisiti principali: la definizione che offriamo ai punti, poiché dobbiamo accontentarci di una base abituale per comprenderci l'un l'altro; un requisito tecnologico – il rumore, con cui parliamo; così come, in definitiva, la compagnia della definizione e del rumore con frasi e grammatica per inquadrare l'interazione in modo comprensibile. “In termini di dati, è la stessa cosa, spiega Christophe Gaudet-Blavignac, ricercatore nel team guidato da Christian Lovis. Bisogna accordarsi su una semantica, per rappresentare concettualmente ciò che si deve comunicare. Serve poi un linguaggio compositivo che unisca questi significati con tutta la libertà necessaria per esprimere tutto ciò che ha bisogno di essere espresso. E infine, a seconda dei progetti e delle comunità di ricerca coinvolte, questo sarà 'tradotto' secondo necessità in modelli di dati, numerosi quanto le lingue parlate nel mondo”.

“Il nostro obiettivo è stato quindi quello di unificare i vocabolari in modo che possano essere comunicati in qualsiasi grammatica, piuttosto che creare da zero un nuovo vocabolario che tutti dovrebbero imparare di nuovo”, afferma Christian Lovis “In questo senso, il federalismo svizzero è un enorme vantaggio : ci ha costretto a immaginare una strategia decentralizzata, applicabile ovunque. Il vincolo ha quindi creato l'opportunità di sviluppare un sistema che funziona nonostante le lingue, le culture e le normative locali”. Ciò rende possibile l'utilizzo di particolari versioni di informazioni solo per l'ultima azione da adattare agli stili richiesti da un determinato lavoro: il layout della Food and Drug Administration (FDA) quando si tratta di cooperazione con un gruppo americano, come esempio, o qualsiasi altro tipo di layout particolare utilizzato da una determinata nazione o campagna di ricerca. Questo comprende una garanzia di buona comprensione e un enorme risparmio di tempo.

Nessuna influenza sulla difesa delle informazioni

Tuttavia, l'interoperabilità delle informazioni non implica una condivisione metodica delle informazioni. “Il mondo bancario, ad esempio, ha adottato da tempo standard di interoperabilità globali, sottolinea Christophe Gaudet-Blavignac. Un semplice IBAN può essere utilizzato per trasferire denaro da qualsiasi conto a un altro. Tuttavia, questo non significa che chiunque, siano essi individui, organizzazioni private o governi, possa sapere cosa c'è in questi conti senza un rigido quadro giuridico". Occorre infatti fare una differenza tra gli strumenti che producono l'interoperabilità e la loro applicazione, da un lato, e la struttura normativa che ne regola la facilità di accesso, dall'altro.

Applicazione strategica

Questa tecnica è stata effettivamente applicata passo dopo passo in Svizzera considerando che al centro del 2019, nella struttura della Rete Sanitaria Personalizzata Svizzera “Gli ospedali universitari svizzeri stanno già seguendo la strategia proposta per condividere dati interoperabili per tutti i progetti di ricerca multicentrici finanziati dal Iniziativa SPHN”, registra Katrin Crameri, supervisore del Personalized Health Informatics Group presso SIB responsabile del Centro di coordinamento SPHNData Inoltre, alcune strutture mediche stanno iniziando a eseguire questa tecnica dopo la campagna SPHN.