Pengujian genomik air limbah dapat secara efektif melacak varian COVID-19 yang menjadi perhatian

Penelitian menunjukkan pengujian genomik air limbah dapat secara efektif melacak varian COVID-19 yang menjadi perhatian di suatu wilayah

Pengujian air limbah dapat dengan tepat dan cepat mengenali tingkat infeksi COVID-19 di daerah tersebut, termasuk peningkatan varian kekhawatiran, merekomendasikan studi penelitian baru yang dipimpin oleh guru UBC, Dr Ryan Ziels.

Ziels dan rekan kerjanya mengevaluasi contoh saluran pembuangan dari 5 pabrik air limbah metropolitan di area Metro Vancouver selama durasi peningkatan jumlah contoh COVID-19, dari Februari hingga April 2021.

Hasilnya, dijelaskan secara online dalam pracetak di medrxiv, mengungkapkan bahwa fokus virus dalam air limbah yang terakumulasi dari daerah Vancouver dengan cermat melacak jumlah situasi profesional di daerah tersebut.

Para ilmuwan, termasuk mahasiswa desain sipil Ph D. Xuan Lin, juga menemukan bahwa keteraturan anomali terkait dengan varian perhatian dalam air limbah sangat terkait dengan pola dalam situasi yang diidentifikasi secara ilmiah di daerah tersebut.

Dalam Q&A ini, Dr Ziels, seorang ilmuwan desain ekologi yang meneliti ekologi mikroba, berbicara tentang pencarian studi penelitian – dan juga bagaimana pengujian genomik air limbah dapat memberi tahu keamanan penyakit dan juga pendekatan administrasi.

Bagaimana Anda bisa dikaitkan dengan studi penelitian ini?

Saya telah mempelajari sekuensing genomik air limbah selama beberapa tahun dan ketika pandemi berakhir, saya memilih untuk menggunakan pemahaman ini untuk memahami infeksi SARS-CoV-2 bekerja sama dengan ilmuwan lain. Kelompok kami terdiri dari ahli mikrobiologi ekologi, desainer, dan juga ahli epidemiologi (di UBC dan juga BC CDC), dan kami juga mendapat kehormatan untuk bekerja sama dengan Metro Vancouver untuk pekerjaan kami.

Seperti banyak penyakit lainnya, infeksi SARS-CoV-2 dijatuhkan dalam tinja selama infeksi, dan potongan genom virus dapat ditemukan di air limbah kota.

Pertanyaan besar adalah bagaimana kita dapat mengidentifikasi bagian-bagian ini dengan cepat dan tepat untuk memberikan masukan tambahan langsung ke perangkat kesehatan dan kebugaran masyarakat umum?

Teknik apa yang Anda gunakan untuk mengukur dan melacak varian masalah dalam air limbah Metro Vancouver?

Saya sebelumnya telah membuat metode pengurutan yang cepat dan tepat menggunakan pengurutan DNA portabel, dan dengan beberapa perubahan tim saya dan saya menggunakan sistem ini untuk mengukur potongan genom virus corona dalam contoh air limbah dari wilayah Vancouver.

Apa yang kami lakukan mirip dengan pekerjaan yang dilakukan oleh CanCOGeN, Jaringan Genomik COVID Kanada– sebuah konsorsium dari pemerintah Kanada, otoritas kesehatan dan kebugaran masyarakat pedesaan dan juga lokal, yang mengurutkan sekitar 150,000 genom virus di seluruh Kanada Tapi di bawah ini, bukan mengurutkan contoh orang , kami mengurutkan contoh air limbah yang mengumpulkan masukan dari seluruh populasi dalam suatu area.

Apa pencarian vital Anda?

Dalam hal mengukur jumlah potongan genom virus corona, kami menemukan sedikit sinyal awal yang kontras dengan modifikasi di rumah sakit atau nomor instans. Ini merekomendasikan bahwa pengujian air limbah dapat menawarkan beberapa jenis kehati-hatian yang sangat awal.

Dengan pengurutan genom air limbah, kami dapat mengidentifikasi peningkatan anomali yang terkait dengan varian kekhawatiran, dan kami juga menawarkan info ini kepada otoritas kesehatan dan kebugaran kami sebagai bantuan tambahan dalam pendekatan kesehatan dan kebugaran masyarakat mereka.

Kami memiliki kemampuan untuk menyesuaikan pendekatan kami untuk mencari varian yang muncul dan juga benar-benar mendapatkan gambaran seluruh area dalam satu contoh. Pengurutan genom juga memungkinkan kami untuk mengidentifikasi saluran pembuangan mana di Metro Vancouver yang variannya akan lebih unggul.

Pengurutan informasi viral yang cepat memungkinkan kami untuk menawarkan perputaran yang sangat cepat– kami menawarkan catatan untuk meningkatkan kesehatan klinis dan kesehatan polisi kami dalam waktu 3 hingga 4 hari dari pengumpulan contoh.

Apa efek untuk pengujian pandemi di masa depan dan juga administrasi?

Ada studi penelitian yang berkembang bahwa pencicipan air limbah dapat berfungsi dalam memahami tingkat infeksi COVID-19 di suatu daerah. Tujuan kami adalah untuk melengkapi, bukan mengubah, berbagai teknik pengujian kesehatan masyarakat lainnya. Pengujian air limbah dapat berfungsi saat pengujian profesional menantang atau tidak dilakukan pada jangkauan metropolitan.

Kami juga menerima Jaringan Air Kanada untuk mengembangkan tim kerja nasional yang berbagi pemahaman tentang pelacakan air limbah. Jaringan nasional semacam itu dapat menghasilkan informasi yang dapat dipercaya saat kita maju ke arah pembukaan kembali situasi ekonomi kita.

Detonic