Kako skupove podataka biomedicinskih istraživanja učiniti interaktivnim

Kako omogućiti interakciju podataka biomedicinskih istraživanja?

Načelo interoperabilnosti definira sposobnost povezivanja različitih sustava. To je značajna poteškoća u biomedicinskim istraživanjima, kao i posebno u području prilagođenih lijekova, koje se uglavnom temelji na prikupljanju i procjeni bezbrojnih podataka. Okolnosti, pandemija COVID-19 zapravo je otkrila da i kada tehnološki , postavljaju se zakonita i poštena ograničenja, informacije je i dalje teško procijeniti kao rezultat semantičkih nejasnoća. Pod pokroviteljstvom Švicarske personalizirane zdravstvene mreže (SPHN), kao i u uskoj suradnji s predstavnicima svih 5 švicarskih nastavnih bolnica, kao i eHealth Suisse, grupa istraživača sa Sveučilišta u Ženevi (UNIGE), kao i sa sveučilišnim bolnicama iz Ženeve (HUG), u suradnji sa ŠIB-ovim švicarskim institutom za bioinformatiku, kao i Sveučilišnom bolnicom Lausanne (CHUV), zapravo su stvorili tehniku ​​za nacionalni okvir koju su prihvatile sve švicarske nastavne bolnice, kao i školske ustanove. Sa svojom praktičnom strategijom, ova se tehnika temelji na napretku uobičajene semantičke strukture koja nema za cilj mijenjati postojeće zahtjeve, ali ih koristiti u suradničkim, ali i svestranim sredstvima u skladu sa zahtjevima istraživanja kao i pratećih podrazumijevalo. Primjena ove tehnike, koja je zapravo trenutno započela, primjećuje važnu akciju za promicanje istraživanja, kao i razvoj istinski prilagođenih lijekova u Švicarskoj

Prilagođeni lijekovi temelje se na eksploataciji, kao i na procjeni ogromnih količina informacija, bilo genomskih, epidemioloških ili s kliničkih slika, do definicije suštine. Da bi se to moglo učiniti, unakrsna referenca, kao i akumuliranje jednako nepogrešivih informacija, obavezna je, također kada potječu iz stvarno različitih izvora.

Imajući to na umu, švicarska savezna vlada stvorila je 2017. godine Švicarsku personaliziranu zdravstvenu mrežu (SPHN), kampanju pod upravljanjem Švicarske akademije medicinskih znanosti u suradnji sa ŠIB-ovim švicarskim institutom za bioinformatiku koji namjerava oglašavati upotrebu kao kao i razmjena wellness informacija za istraživanje "Unatoč velikim ulaganjima tijekom proteklog desetljeća, još uvijek postoje velike razlike", tvrdi Christian Lovis, nadzornik Odjela za radiologiju, kao i medicinsku informatiku na Medicinskom fakultetu UNIGE, kao i voditelj Odjel za medicinske informacijske znanosti pri HUG-u. "Zbog toga smo željeli s našim partnerima i SPHN predložiti strategiju i zajedničke standarde koji su dovoljno fleksibilni da prilagode svim vrstama trenutnih i budućih baza podataka."

Tehnika s tri stupa

Povezujemo se na 3 glavna zahtjeva: definicija koju nudimo na točke, jer se moramo sporazumjeti na uobičajenoj osnovi za međusobno razumijevanje; tehnološki zahtjev - buka s kojom razgovaramo; kao i u konačnici, društvo definicije, kao i buka s rečenicama, kao i gramatika kako bi se okvir interakcije oblikovao na razumljiv način. “Što se tiče podataka, to je ista stvar, objašnjava Christophe Gaudet-Blavignac, istraživač u timu koji vodi Christian Lovis. Morate se složiti oko semantike, da biste konceptualno predstavili ono što se mora priopćiti. Tada nam treba kompozicijski jezik koji će kombinirati ta značenja sa svom slobodom potrebnom za izražavanje svega što treba izraziti. I konačno, ovisno o projektima i istraživačkim zajednicama, to će se po potrebi 'prevesti' u modele podataka koji su brojni koliko i jezici koji se govore u svijetu. "

„Cilj nam je stoga bio objediniti rječnike tako da se mogu komunicirati u bilo kojoj gramatici, a ne stvarati novi rječnik od nule koji bi svi morali iznova učiti", tvrdi Christian Lovis "U tom je smislu švicarski federalizam velika prednost : prisilio nas je na zamišljanje decentralizirane strategije koja se može primijeniti svugdje. Ograničenje je stoga stvorilo priliku za razvoj sustava koji djeluje unatoč lokalnim jezicima, kulturama i propisima. " Zbog toga je moguće koristiti određene informativne verzije samo za posljednju akciju koja se prilagođava stilovima koje zahtijeva određeni posao - raspored hrane i uprave za lijekove (FDA) kada je riječ o suradnji s američkom skupinom, kao na primjer, ili bilo koji drugi različiti izgled koji koristi određena država ili istraživačka kampanja. To uključuje jamstvo dobrog razumijevanja, kao i veliko uštedu vremena.

Nema utjecaja na obranu informacija

Međutim, interoperabilnost informacija ne podrazumijeva metodičku razmjenu informacija. “Primjerice, bankarski svijet odavno je usvojio globalne standarde interoperabilnosti, naglašava Christophe Gaudet-Blavignac. Jednostavan IBAN može se koristiti za prijenos novca s bilo kojeg računa na bilo koji drugi. Međutim, to ne znači da bilo tko, bilo da su to pojedinci, privatne organizacije ili vlade, može znati što se nalazi na tim računima bez strogog zakonskog okvira. " Doista, treba praviti razliku između alata koji proizvode interoperabilnost, kao i njihove primjene, s jedne strane, kao i regulatorne strukture koja regulira njihov lak pristup, s druge strane.

Primjena strategije

Ova se tehnika zapravo primjenjuje korak po korak u Švicarskoj s obzirom na to da središte 2019. u strukturi Švicarske personalizirane zdravstvene mreže „švicarske sveučilišne bolnice već slijede predloženu strategiju za razmjenu interoperabilnih podataka za sve multicentrične istraživačke projekte financirane od strane SPHN inicijativa ”, bilježi Katrin Crameri, nadzornica Grupe za personaliziranu zdravstvenu informatiku pri SIB-u, odgovorna za koordinacijski centar SPHNData. Nadalje, neke medicinske ustanove počinju provoditi ovu tehniku ​​nakon kampanje SPHN.