Reovee genoomse testimisega saab tõhusalt jälgida murettekitavaid COVID-19 variante

Uuringud näitavad, et reovee genoomiline testimine võimaldab tõhusalt jälgida COVID-19 murettekitavaid variante piirkonnas

Reovee katsetamine võimaldab täpselt ja kiiresti ära tunda piirkonnas esinevaid COVID-19 infektsioonide astmeid, mis koosnevad murettekitavate variantide suurenemisest, soovitab UBC õpetaja dr Ryan Zielsi juhitud uhiuus uuring.

Ziels ja ka tema töökaaslased hindasid kanalisatsiooninäiteid Vancouveri piirkonna 5 suurlinna reoveepuhastusjaamast kogu COVID-19 eksemplaride arvu suurendamise aja jooksul, veebruarist aprillini 2021.

Tulemused, mida selgitati internetis medrxivis eelprindis, näitasid, et Vancouveri piirkonnast kogunenud reovee viiruse fookus jälgis hoolikalt piirkonna professionaalsete olukordade arvu.

Teadlased, kelle hulka kuulus Ph D. tsiviilprojekteerimise õpilane Xuan Lin, avastasid samuti, et anomaaliate korrapärasus, mis on seotud reovee murettekitavate variantidega, on seotud piirkonna teaduslikult tuvastatud olukordade mustritega.

Selles küsimuses ja vastustes räägib mikroobide ökoloogiat uuriv ökoloogilise disaini teadlane dr Ziels uurimistöö otsimisest ja ka sellest, kuidas reovee genoomika testimine võib anda teada haiguste turvalisusest ja ka administratiivsetest lähenemisviisidest.

Kuidas teid selle uurimusega seostati?

Olen tegelikult mitu aastat uurinud reovee genoomika sekveneerimist ja ka siis, kui pandeemia kahjustus, otsustasin seda mõistmist kasutada koostöös paljude teiste teadlastega SARS-CoV-2 nakkuse mõistmiseks. Meie rühm koosneb ökoloogilistest mikrobioloogidest, disaineritest ja ka epidemioloogidest (UBC-s ja ka BC CDC-s) ning meil oli privileeg töötada koos oma tööga Vancouveri metrooga.

Nagu arvukad muud haigused, langeb SARS-CoV-2 infektsioon väljaheites kogu nakkuse vältel ja ka viiruse genoomi tükke võib leida suurlinna reoveest.

Suurepärane uurimine oli see, kuidas me saaksime need tükid kiiresti ja täpselt tuvastada, et pakkuda täiendavaid sisendeid otse üldise rahvatervise ja heaolu tööriistakomplekti?

Milliseid tehnikaid kasutasite Metro Vancouveri reovee mõõtmiseks ja ka murettekitavate variantide jälgimiseks?

Varem olin loonud kiire ja ka täpse sekveneerimismeetodi, kasutades kaasaskantavaid DNA järjestajaid, ja ka mõningate muudatustega kasutasin oma rühma ja ka seda süsteemi, et hinnata koronaviiruse genoomi tükke Vancouveri piirkonna reovee näidetes.

See, mida me teeme, sarnaneb Kanada COVID Genomics Network CanCOGeNi tööga - Kanada valitsuse, maapiirkondade ning ka kohalike rahvatervise ja heaolu ametkondade konsortsium, mis järjestab kogu Kanadas umbes 150,000 XNUMX viiruse genoomi. Allpool aga pigem isikunäidete järjestamine , järjestame reovee näited, mis koguvad kogu piirkonna elanike sisendeid.

Millised olid teie elutähtsad otsingud?

Koroonaviiruse genoomi tükkide hulga mõõtmise osas avastasime natuke väga varajast signaali, mis on erinevalt haiglas viibimise või eksemplaride arvu muutustest. See soovitas, et reovee testimine võib pakkuda teatud tüüpi varajast ettevaatlikkust.

Heitvee genoomi järjestamise abil saame tuvastada anomaaliate suurenemist, mis on seotud murettekitavate variantidega, ning pakume seda teavet ka oma tervise- ja terviseasutustele kui täiendavat abi nende rahvatervise ja heaolu lähenemisviisides.

Meil on võimalus kohandada oma lähenemisviisi tekkivate variantide otsimiseks ja saada ka ühe näite abil tegelikult pilt kogu piirkonnast. Genoomi järjestamine võimaldas meil ka tuvastada, millised kanalisatsioonikaevud Metro Vancouveris olid variantide jaoks eriti juhtivad.

Kiire viirusinfo järjestamine võimaldab meil pakkuda tõeliselt kiiret tagasipöördumist - pakume andmeid kliiniliste tervise- ja tervisepolitseinike ajakohastamiseks 3–4 päeva jooksul alates näite kogumisest.

Millised on tulevase pandeemia testimise ja ka manustamise mõju?

Laienevad teadusuuringud näitavad, et reovee degusteerimine aitab mõista COVID-19 nakkuste määra piirkondades. Meie eesmärk on täiendada, mitte muuta mitmesuguseid muid rahvatervise testimise tehnikaid. Reovee katsetamine võib toimuda siis, kui professionaalne katsetamine on keeruline või kui seda pole suurlinnas.

Samuti nõustume Kanada veevõrguga üleriigilise töörühma väljaarendamiseks, mis jagab arusaama reovee jälgimisest. Selline üleriigiline võrgustik võib tuua usaldusväärset teavet, kui edeneme oma majandusliku olukorra taasavamise suunas.