Kuidas muuta biomeditsiiniliste uuringute andmekogumid interaktiivseks

Kuidas muuta biomeditsiiniliste uuringute andmed vastastikuseks?

Koostalitlusvõime põhimõte määratleb erinevate süsteemide ühendusvõime. See on märkimisväärne raskus nii biomeditsiinilistes uuringutes kui ka spetsiaalselt kohandatud ravimite valdkonnas, mis põhineb peamiselt lugematute andmekogumite kogumisel ja hindamisel. Olukordade jaoks on COVID-19 pandeemia näidanud, et ka siis, kui , tõstatatakse nii seaduslikke kui ka ausaid piiranguid, teavet on semantiliste hämaruste tõttu jätkuvalt raske hinnata. Šveitsi isikliku tervisevõrgustiku (SPHN) egiidi all ning tihedas koostöös kõigi viie Šveitsi õppehaigla esindajatega ning Genfi ülikooli (UNIGE) ja ülikoolihaiglate teadlaste rühmaga eHealth Suisse Genfi ülikool (HUG) on koostöös SIBi Šveitsi bioinformaatika instituudi ja Lausanne'i ülikoolihaiglaga (CHUV) loonud tehnika üleriigiliseks raamistikuks, mida hõlmavad kõik Šveitsi õppehaiglad ja ka õppeasutused. Oma praktilise strateegiaga põhineb see tehnika tavapärase semantilise struktuuri edendamisel, mille eesmärk pole muuta olemasolevaid nõudeid, kuid kasutada neid nii koostöös kui ka mitmekülgsetes vahendites vastavalt uuringute ja kaaslaste nõudmistele kaasnenud. Selle praegu juba alanud tehnika rakendamisel märgitakse olulist tegevust, et edendada Šveitsis uurimistööd ja tõeliselt kohandatud ravimite väljatöötamist

Isikupärased ravimid põhinevad tohutu teabe genoomilisel, epidemioloogilisel või kliinilisel pildistamisel kuni olemuse määratlemiseni. Selleks on nii viitamine kui ka sama eksimatu teabe kogumine kohustuslik ka siis, kui need pärinevad tõeliselt erinevatest ressurssidest.

Seda silmas pidades koostas Šveitsi föderaalvalitsus 2017. aastal Šveitsi Meditsiiniteaduste Akadeemia juhtimisel Šveitsi Meditsiiniteaduste Akadeemia juhtimisel korraldatud kampaania Šveitsi personaliseeritud tervisevõrgustik (SPHN), mis kavatseb reklaamida selle kasutamist kui samuti heaoluteabe vahetamine uurimistööks “Vaatamata viimase kümne aasta suurematele investeeringutele on siiski suuri erinevusi”, väidab Christian Lovis, UNIGE arstiteaduskonna radioloogiaosakonna ja meditsiiniinformaatika osakonna juhendaja ning teaduskonna juhataja Meditsiiniteaduste osakond HUG-s. "Seetõttu soovisime koos oma partnerite ja SPHN-iga pakkuda välja strateegia ja ühised standardid, mis on piisavalt paindlikud, et mahutada kõikvõimalikke praeguseid ja tulevasi andmebaase."

Kolme samba tehnika

Me ühendame 3 peamist nõuet: pakutav määratlus punktidega, kuna peame üksteise mõistmiseks leppima tavapärasel alusel; tehnoloogiline nõue - müra, millega me räägime; samuti lõppkokkuvõttes nii definitsiooni kui ka lausetega müra, aga ka grammatika, et vastastikmõju mõistetaval viisil raamistada. „Andmete osas on see sama asi, selgitab Christian Lovise juhitud meeskonna teadlane Christophe Gaudet-Blavignac. Peate leppima kokku semantikas, et kontseptuaalselt esindada seda, mida tuleb edastada. Siis vajame kompositsioonikeelt, et ühendada need tähendused kogu vajaliku vabadusega, et väljendada kõike, mida on vaja väljendada. Ja lõpuks, sõltuvalt kaasatud projektidest ja teadusringkondadest, tõlgitakse see vastavalt vajadusele andmemudelitesse, mida on sama palju kui maailmas räägitavaid keeli. ”

"Meie eesmärk on seetõttu olnud sõnavara ühtlustamine, et neid saaks suhelda igas grammatikas, selle asemel, et luua nullist uus sõnavara, mida kõik peaksid uuesti õppima," väidab Christian Lovis "Selles mõttes on Šveitsi föderalism suur eelis : see on sundinud meid ette kujutama detsentraliseeritud strateegiat, mida saab rakendada kõikjal. Seega on piirang loonud võimaluse töötada välja süsteem, mis töötab vaatamata kohalikele keeltele, kultuurile ja eeskirjadele. " See muudab teostatavaks konkreetsete teabeversioonide kasutamise vaid viimase toimingu jaoks, mis on kohandatud vastavalt teatud töö jaoks vajalikele stiilidele - nii toidu- kui ka ravimiameti (FDA) kujundusele, kui tegemist on koostööga Ameerika kontserniga. näiteks mõni muu konkreetne paigutus, mida teatud riik või uurimiskampaania kasutab. See hõlmab nii hea mõistmise garantiid kui ka tohutut ajakulu.

Infokaitsele mõju puudub

Teabe koostalitlusvõime ei tähenda siiski metoodilist teabe jagamist. „Näiteks pangandusmaailm on juba ammu vastu võtnud ülemaailmsed koostalitlusvõime standardid, rõhutab Christophe Gaudet-Blavignac. Lihtsat IBAN-i saab kasutada raha ülekandmiseks mis tahes kontolt mis tahes muule. See aga ei tähenda, et keegi, olgu need üksikisikud, eraorganisatsioonid või valitsused, saaksid ilma range õigusliku raamistikuta teada, mis neil kontodel on. " Tõepoolest, tuleks eristada ühelt poolt nii koostalitlusvõimet tagavaid tööriistu kui ka nende rakendamist ning teiselt poolt reguleerivat struktuuri, mis reguleerib nende hõlpsat juurdepääsu.

Strateegia rakendamine

Seda tehnikat on Šveitsis samm-sammult tegelikult rakendatud, arvestades, et Šveitsi ülikoolihaiglad järgivad juba 2019. aasta Šveitsi isikliku tervisevõrgu struktuuris väljapakutud strateegiat, et jagada koostalitlusvõimelisi andmeid kõigi multitsentriliste uurimisprojektide jaoks, mida rahastab SPHN-i algatus ”, registreerib SIB-i isikliku tervise informaatika rühma juhendaja Katrin Crameri, kes on SPHN-i andmete koordineerimiskeskuse vastutav. Lisaks on mõned meditsiiniasutused seda tehnikat SPHN-i kampaaniast mööda viima hakanud.