Cómo hacer que los conjuntos de datos de investigación biomédica sean interactivos

¿Cómo hacer que los datos de investigación biomédica puedan interactuar?

El principio de interoperabilidad define la capacidad de varios sistemas para conectarse. Esta es una dificultad significativa en la investigación biomédica, así como específicamente, en el área de la medicación personalizada, que se basa principalmente en la recopilación y evaluación de innumerables conjuntos de datos. Por circunstancias, la pandemia de COVID-19 ha revelado que también cuando la tecnología , se plantean restricciones tanto legales como honestas, la información sigue siendo difícil de evaluar como resultado de la oscuridad semántica. Bajo los auspicios de Swiss Personalized Health Network (SPHN) y en estrecha colaboración con representantes de los 5 hospitales universitarios suizos, así como eHealth Suisse, un grupo de investigadores de la Universidad de Ginebra (UNIGE) y los hospitales universitarios. de Ginebra (HUG), en cooperación con el Instituto Suizo de Bioinformática SIB y el Hospital Universitario de Lausana (CHUV), han creado la técnica para un marco nacional adoptado por todos los hospitales docentes suizos y los establecimientos escolares. Con su estrategia práctica, esta técnica se basa en el avance de una estructura semántica habitual que no tiene como objetivo cambiar los requisitos existentes, sino utilizarlos en un medio colaborativo y versátil de acuerdo con las demandas de la investigación y los compañeros. implicado. La aplicación de esta técnica, que se ha iniciado actualmente, señala una acción importante para promover la investigación y el desarrollo de un medicamento realmente personalizado en Suiza.

La medicación personalizada se basa en la explotación y evaluación de grandes cantidades de información, ya sea genómica, epidemiológica o de imágenes clínicas, hasta la definición de esencia. Para ello es obligatorio realizar referencias cruzadas y acumular información igualmente inconfundible, también cuando proceda de recursos realmente diversos.

Teniendo esto en cuenta, el gobierno federal suizo produjo en 2017 la Swiss Personalized Health Network (SPHN), una campaña dirigida por la Academia Suiza de Ciencias Médicas en cooperación con el Instituto Suizo de Bioinformática SIB que tiene la intención de publicitar el uso como así como el intercambio de información sobre el bienestar para la investigación "A pesar de las importantes inversiones realizadas durante la última década, todavía existen grandes disparidades", afirma Christian Lovis, supervisor del Departamento de Radiología e Informática Médica de la Facultad de Medicina de UNIGE y director de la División de Ciencias de la Información Médica del HUG. “Es por eso que queríamos, con nuestros socios y la SPHN, proponer una estrategia y estándares comunes que sean lo suficientemente flexibles para acomodar todo tipo de bases de datos actuales y futuras”.

Una técnica de tres pilares

Conectamos en 3 requisitos principales: la definición que ofrecemos a los puntos, ya que debemos conformarnos de manera habitual para comprendernos unos a otros; un requisito tecnológico: el ruido, con el que hablamos; así como en última instancia, la compañía de la definición así como el ruido con las oraciones así como la gramática para enmarcar la interacción en un medio aprehensible. “En términos de datos, es lo mismo, explica Christophe Gaudet-Blavignac, investigador del equipo dirigido por Christian Lovis. Hay que ponerse de acuerdo en una semántica, para representar conceptualmente lo que se tiene que comunicar. Entonces necesitamos un lenguaje compositivo que combine estos significados con toda la libertad necesaria para expresar todo lo que necesita expresarse. Y finalmente, dependiendo de los proyectos y las comunidades de investigación involucradas, esto se 'traducirá' según sea necesario en modelos de datos, que son tan numerosos como los idiomas que se hablan en el mundo ”.

“Nuestro objetivo, por tanto, ha sido unificar vocabularios para que se puedan comunicar en cualquier gramática, en lugar de crear un nuevo vocabulario desde cero que todos tendrían que aprender de nuevo”, afirma Christian Lovis “En este sentido, el federalismo suizo es una gran ventaja : nos ha obligado a imaginar una estrategia descentralizada, que se puede aplicar en todas partes. Por lo tanto, la restricción ha creado la oportunidad de desarrollar un sistema que funcione a pesar de los idiomas, culturas y regulaciones locales ". Esto hace que sea factible usar versiones de información particulares para que la última acción se ajuste a los estilos requeridos por un determinado trabajo: el diseño de la Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA) cuando se trata de cooperación con un grupo estadounidense, como un ejemplo, o cualquier otro diseño particular utilizado por una determinada nación o campaña de investigación. Esto incluye una garantía de buen entendimiento, así como un ahorro de tiempo enorme.

Sin influencia en la defensa de la información

Sin embargo, la interoperabilidad de la información no implica un intercambio metódico de información. “El mundo bancario, por ejemplo, ha adoptado desde hace mucho tiempo estándares de interoperabilidad global, subraya Christophe Gaudet-Blavignac. Se puede usar un IBAN simple para transferir dinero de cualquier cuenta a cualquier otra. Sin embargo, esto no significa que cualquiera, ya sean individuos, organizaciones privadas o gobiernos, pueda saber qué hay en estas cuentas sin un marco legal estricto ”. De hecho, conviene diferenciar las herramientas que producen interoperabilidad y su aplicación, por un lado, y la estructura reguladora que regula su facilidad de acceso, por otro.

Aplicación de estrategia

Esta técnica se ha aplicado paso a paso en Suiza teniendo en cuenta que el centro de 2019, en la estructura de la Red de salud personalizada suiza, “los hospitales universitarios suizos ya están siguiendo la estrategia propuesta para compartir datos interoperables para todos los proyectos de investigación multicéntricos financiados por el Iniciativa SPHN ”, registra Katrin Crameri, supervisora ​​del Grupo de Informática de Salud Personalizada en SIB responsable del Centro de Coordinación de Datos SPHN. Además, algunas instalaciones médicas están comenzando a ejecutar esta técnica después de la campaña SPHN.

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